Ichigo es un chico de 15 años como cualquier otro sino fuera porque desde pequeño ha sido capaz de ver a los espiritus, tocarlos e incluso hablar con ellos. A pesar de todo, Ichigo había vivido una vida relativamente normal en el pueblo de Karakura, donde su padre lleva la clínica del lugar, hasta que una noche una chica misteriosa llamada Rukia entra en su habitación. Rukia, que había llegado hasta allí en busca de una clase de monstruo llamado Hollow para eliminarlo, se encuentra con que Ichigo es capaz de verla. Sorprendida le explica que ella es una Segadora de Almas que ha bajado a la tierra con la labor de eliminar a los espíritus corrompidos que vagan por la tierra deborando almas, los Hollows(Huecos), y orientar a los espíritus corrientes, los Plus(Enteros), enviándolos a la Sociedad de Almas.

Basada supuestamente en los hechos anunciados por el Apocalipsis y vaticinados en los Manuscritos del Mar Muerto (en realidad, éstos y otros símbolos han sido tomados de forma no literal, aprovechando el misticismo que encierran en el mundo occidental), la serie narra una historia poco común donde se hace énfasis en las emociones humanas, en las historias personales de cada protagonista y en la supervivencia contra los ángeles, para evitar la destrucción de la humanidad. El 13 de septiembre del año 2000 de la era cristiana, tiene lugar la colisión de un asteroide contra la Tierra, en el hemisferio Sur, más exactamente en la Antártida. Este fenómeno es denominado Segundo Impacto (El Primer Impacto, de acuerdo a un documento mostrado en el capítulo siete, es un impacto de meteorito ocurrido hace cuatro mil millones de años y que produjo la escisión de la Luna a partir de la Tierra). En etapas tempranas de la serie se define el Segundo Impacto como la colisión de un asteroide o meteorito contra la Tierra en la Antártida, que tiene como consecuencia el derretimiento de los polos y la alteración del eje terrestre. Posteriormente, es revelado que la anterior es la explicación pública del suceso; la realidad del Segundo Impacto tiene que ver con pruebas científicas efectuadas a partir de los restos de una criatura gigantesca encontrada en el Polo Sur. Como consecuencia de este desastre, el caos se apodera de la civilización. El nivel de las aguas sube debido a la fusión de las masas polares, la rotación de la Tierra cambia; los cambios climáticos afectan a las cosechas, ciudades enteras quedan sumergidas, y más de la mitad de la población mundial perece. Las Naciones Unidas inician la reconstrucción de la civilización, y al llegar al año 2015, nos encontramos con un mundo en una relativa paz y prosperidad. Es en ese momento cuando una nueva amenaza se cierne sobre la especie humana: Un ser de origen desconocido, denominado "Ángel", al cual se lo identifica con el nombre de "Sachiel", invade la recientemente reconstruida ciudad de Tokio 3. Las fuerzas militares nada pueden hacer contra este ser misterioso, por lo que se convoca a una organización secreta, dependiente de las Naciones Unidas, llamada NERV ("nervio", en alemán). NERV posee varias bases esparcidas por todo el planeta, pero es en especial la situada bajo Tokio 3 el destino del ser desconocido. Allí se encuentra Gendō Ikari, científico superviviente de la misión enviada a la Antártida en el año 2000, como cabeza visible de la organización. Su hijo Shinji Ikari, junto a otros jóvenes seleccionados tienen la tarea de manejar las "unidades multipropósito Evangelion" o EVAs como se los denomina, enormes seres humanoides (los cuales se revela después que realmente no son robots). Estos EVAs resultan ser las únicas unidades capaces de enfrentarse a los ángeles. Un primer enfrentamiento resulta en una victoria para NERV. Pero el "ángel" Sachiel es sólo el primero de una serie de seres, cuya misión al parecer es destruir a la humanidad (más adelante se revela el porqué de los ataques por parte de los ángeles solamente a la ciudad de Tokio 3, sobre todo a la base de NERV que se encuentra bajo la ciudad). Luego le seguirán otros, de distinta naturaleza. Si bien los primeros ángeles lanzan ataques físicos, que pueden vencer las unidades Evangelion, luego cambiarán sus métodos de acción, llegando a ataques psíquicos directos a los pilotos, virus informáticos, nanomáquinas, posesiones de otras unidades Eva, e incluso ataques a través de una sombra tetradimensional llamada en la serie Mar de Dirac.

Light Yagami es un estudiante aparentemente normal, pero su yo interno es un brillante sociópata, sádico y megalómano que detesta el crimen y la maldad que existe en el mundo, y sueña con un entorno utópico libre de tales lacras. Su vida cambia radicalmente cuando encuentra en el suelo un misterioso cuaderno en cuya portada se lee DEATH NOTE (cuaderno de muerte). Detras del cuaderno hay instrucciones sobre su uso, donde destaca el hecho de poder matar a una persona (siempre y cuando se conozca el rostro de ella) de cualquier causa que se especifique entre los 40 segundos y 6 minutos sino se especifica simplemente muere de un ataque al corazón 40 segundos después de escribir el nombre de aquella persona en la Death Note. Light se mantiene escéptico de la autenticidad del cuaderno, pero después de probarlo en dos ocasiones, se da cuenta que su poder es real. Pasados algunos días lo visita un shinigami llamado Ryuk. Los shinigamis son seres de otra dimensión que usan los Death Note para matar personas y así prolongar su propia existencia. Ryuk le explica a Light que el Death Note que encontró le pertenece, pero cuando se extravía,en el mundo humano, automáticamente pasa a ser posesión de la persona que la encuentre, hasta que ésta última muera. A su vez Light le cuenta a Ryuk que su objetivo es matar a los criminales, para así limpiar al mundo de la maldad y convertirse en el dios de un mundo nuevo, libre de crimen. Pronto, las numerosas muertes sin explicación atraen la atención de la policía, la cual pide ayuda a un misterioso detective mundialmente conocido como L. L se da cuenta que Kira (apodo con el cual se conoce al asesino,el cual es Light) puede matar a las personas con sólo conocer su nombre y su rostro. Ambos empiezan una pelea de ingenio y astucia, enfrentándose a una serie de situaciones, siempre con el fin de descubrir la identidad del otro y de demostrar quién es la justicia.